导读 催化生物部件是设计、构建和优化特定代谢途径的生物系统的基础。中国科学院 (CAS) 的一个研究团队最近开发了合成生物学生物部件注册和数...
催化生物部件是设计、构建和优化特定代谢途径的生物系统的基础。中国科学院 (CAS) 的一个研究团队最近开发了合成生物学生物部件注册和数据库 (RDBSB)。
该数据库包含 83,193 个具有实验证据的催化生物部件，旨在成为合成生物学中催化生物部件的第一个综合资源。
这些生物部件的功能表征信息通常分散在多个数据库和文献来源中，对特定底盘或细胞工厂的有效设计和优化构成了重大挑战。
来自中国科学院上海营养与健康研究所 (SINH) 生物医学大数据中心的科学家和来自中国科学院分子植物科学卓越中心的合作者在 RDBSB 中整合了来自各种数据库来源的 390,708 个催化生物部件，其中 83,193 个已经过实验验证。其中，3,200 个经过实验验证的催化生物部件包括有关最适温度、最适 pH 值和底盘的精选数据。
RDBSB 中包含的 83,193 个催化生物部件提供了详细的定性和定量催化信息，包括活性、底物、最佳 pH 和温度以及底盘特异性等关键参数。
该平台具有交互式搜索引擎、可视化工具和分析实用程序，如生物部件查找器、结构预测和通路设计工具。它通过催化生物部件提交系统促进社区参与，以促进快速数据共享和利用。
“事实上，到目前为止，它已经支持了 1,000 多个催化生物部件的贡献，”这项研究的首席科学家兼通讯作者张国庆教授说。“它将大大增强合成生物学途径设计的可用资源，并成为研究人员必不可少的工具。”
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